DNA Laddering dan Apoptosis!

copas sebagai pengingat :p

ketika sel berapoptosis, akan terjadi perubahan-perubahan morfologi, salah satunya terjadinya fragmentasi DNA. Nah, kenapa DNA-nya bisa terfragmentasi?

sebenarnya dalam keadaan sel normal, di dalam sel sudah tersedia enzim DNA ladder nuclease (CAD), namun enzim tersebut masih inaktif karena terikat pada inhibitornya, yaitu ICAD. Kalo ada sinyal apoptosis, akan terjadi aktivasi caspase 3 (suatu protease) yang akan memotong ikatan antara CAD dan ICAD. CAD pun menjadi aktif dan dapat memotong DNA menjadi fragmen-fragmen dengan ukuran yang berbeda-beda.

Konsep inilah yang digunakan sebagai salah satu identifikasi telah terjadi apoptosis pada sel. Pengamatannya bisa dilakukan menggunakan elektroforesis gel agarosa. Secara umum, asam nukleat akan dipisahkan menggunakan medan listrik dalam suatu matrix agarose, di mana asam nukleat akan berjalan menuju ke arah kutub negatif. Molekul yang kecil, dalam hal ini adalah fragmen DNA yang pendek, akan berjalan lebih cepat dan bermigrasi lebih jauh daripada fragmen yang panjang karena fragmen kecil akan lebih mudah melewati pori-pori matrix agarosa.

Pada pengamatan apoptosis sel, fragmen-fragmen DNA yang terpotong dalam ukuran-ukuran berbeda akan membentuk pita-pita sepanjang matrix agarosa atau lazim disebut DNA laddering. Pengamatan terhadap fragmen-fragmen DNA tersebut dapat dilakukan di bawah sinar UV dengan menggunakan etidium bromide. 

nah, setelah dielektroforesis kan jadi ada pita2 gitu,
mirip ladder (tangga), makanya metodenya disebut dna laddering :)